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在大中军三路大军攻克北京城之后的两个多月时间里，北方形势飞快的开始变得稳定了下来。
不过虽然肖天健这段时间忙于处理北方的各种政务，却并未对军队放松下来，在北京之战结束之后，京畿一带的局面逐步开始稳定下来之后，为了减少对后勤方面的压力，在肖天健的命令下，原第一镇的左路军，开始撤离京畿，从居庸关返回到宣大，然后逐步回撤到山西境内。
而第二镇刁正所部的中路军，也在结束了北京之战之后不久，开始一部返回辅南一带负责清剿辅南一带残余的官军以及各地的匪患，一部则从沧州进入到山东境内，一方面前往莱州府和登州府接防，并且接过刘泽清麾下的一万多明军降兵，对其进行整编，同时沿山东东部南下，逐步清剿山东东部一带的官军残余势力和地方匪患。
至于右路军辖下的第四镇的兵马，则立即沿运河南下，返回到南直隶一带，复归入石冉麾下，做好下一步南下南方诸省的准备。
而京畿一带到了八月之后，便仅剩下了刘耀本麾下的近卫第二师和三千扩编的羽林卫，充当肖天健的直属兵马，等候下一步的行动，如此一来，便大幅度的减轻了后勤方面的保障压力，使得北上的漕船，可以转运更多的粮食，来缓解北方的粮荒问题。
另外肖天健在拿下北京城之后，斟酌再三，在八月间决定，以宣大、顺天府、永平府以及山海关外的宁远，将这一带的大中军整合起来，成立了一个专门的北方战区，暂时自成一镇，但是以战区这个称呼和其它各镇军进行区别。
也就是说北方战区，可能是临时性的一个编制，今后还可能会被撤销，原因无他，就是尽可能的统一北方长城沿线的大中军在这一带的指挥，一方面负责镇守北京的京畿一带，防备建奴军南下入寇，一方面也防备蒙古人的袭扰，同时积攒力量，做好未来克复辽东以及收复蒙古大草原的准备。
至于北方战区的总都统，肖天健交给了罗立，但是却将李凌风从第一镇军调整到了北方战区，充当罗立的副手。
北方战区的兵力构成方面，除了李凌风麾下原第一镇军驻防在宣大的两个师之外，另外还有罗立麾下驻防在宁远一带的超编近卫第一师，同时还将肖天健入京之前，下旨组建的近卫第三师以及吴襄麾下的山海关官军旧部，全部纳入到北方战区统一归罗立和李凌风调度。
而近卫第三师，在肖天健下旨之后，李信立即便调派得力人手开始着手组建了起来，并且在短短两个月的时间里，就完成了征兵和组建工作，以大中军五五编制的老习惯，新编近卫第三师下辖五个满编战兵营（步兵营），同时按照肖天健的旨意，又为其编入了一个两千人规模的加强骑兵营，另外加上一个师属重炮营和一个满编辎重营以及一个工兵营，使得新编近卫第三师的兵力达到了一万人左右的规模。
而这些新兵兵员的来源，则以顺天府以及永平府等地的当地民众为主，却并没有收编多少投降的三大营的官兵，原因无他，这个时候的明军官兵可以说已经是烂透了，虽然降兵之中也不乏一些精壮之士，但是这些人也都早已变成了老兵痞子，身上带了太多的明军之中的旧习，再想改变他们，就相当不容易了，一旦将这些兵痞子编入军中之后，非但不利于提高战斗力，相反还会起到很大的副作用。
所以在肖天健的旨意下，这些大明降兵，多被就地遣散打乱安置，令其到各地务农为生，每个人在遣散的时候，还发给了二十两遣散费和一定量的粮食，省的他们没钱吃饭，遣散之后又落草为寇，为祸一方。
至于新编第三师的都统，在诸将的提议之下，肖天健将原本在刘耀本手下当副都统的李定国提拔了起来，充任了近卫第三师的都统，其余的军官也都是从诸军之中拔擢起来的大中军的老部下，其中以讲武堂学员出身的军官为主，撑起了近卫第三师的骨架。
虽然从组建开始，新编近卫第三师组建的时间很短，但是有这帮干将充作骨干，第三师很快便投入到了紧张的操练之中，短短两个月时间，便基本上结束了大中军新兵训练的科目，初步拥有了一定的战斗力，估计最多一年时间这支兵马在这些军官们的操练下，肯定也能成为一支凶悍的军队，战斗力会相当可观的。
至于镇守山海关的那两万多吴襄麾下的明军旧部，则在肖天健的指令之下，被改编为了大中军山海关守备师，归到了北方战区的序列之中，暂时继续留镇山海关，但是要求北方战区对其进行一次大规模的整编和重新训练，增强山海关守备师的战斗力，使之在半年之内，成为一支真正能堪大用的兵马。
但是肖天健却将彦书亭派至了山海关，充当了吴襄的副手，另外又从各部之中抽调了二百军官，以及刚刚在讲武堂结业的五百讲武堂学员也派至了山海关，充入到了这支兵马之中，以他们重新构成了这支守备师的基层军官和高层军官的骨架。
原来吴襄麾下的两万多官军，也就地整编，裁撤掉了其中一批不符合大中军要求的官兵，但是对这批官兵，毕竟他们都参与了这一次山海关大战，所以好歹算是有功人员，所以肖天健特许没有采取像对待一般降兵那样的就地裁撤的办法，而是以大中军退役的待遇，发放给了他们一笔优厚的遣散费，并且每人补发了半年军饷，令其返乡。
虽然这些官兵有点不太满意，但是也无可奈何，更何况大中朝对他们已经算是非常宽厚了，发放的安家费也相当充足，所以值得脱下了军服，然后离开了山海关，在裁撤不合格兵将的同时，又就地在山海关内的北方难民之中，招募起了一批新兵，充实到了守备师之中，保证了守备师两万兵力并没有下降。
如此一来，整个守备师便发生了翻天覆地的变化，基本上从根子上，重新将其编排了一番，也避免了这些旧官军形成小的集团。
吴襄因为被继续留任都统之职，而且也见识到了大中军的厉害，所以对于这一次的整编十分配合，并且也按照大中朝的命令，解散了麾下的家丁队，将其编入到了麾下各营之中，一部分表现不错的直接被派往了南京讲武堂进行为期一年的培训，今后将另行安排，也算是给他的家丁们了一个相当不错的出路，对此吴襄倒是十分感激。
并且吴襄暗中上奏肖天健，在奏疏之中提出，他以年纪大为由，表示在完成山海关守备师整编之后，他愿意辞去都统之职，回到北京城中跟家人一起养老，从此不再干军务之事。
吴襄其实是个非常聪明之人，他通过和阎重喜、王承平、罗立、刘耀本这些人这段时间的接触，发现了大中军跟明军的最大不同之处，那就是大中军的军制，从根本上限定了这些大中军兵将，不可能再像明军那样，让军将拥兵自重，形成大大小小的军阀集团。
而他也很清楚即便是他掌握着这两万多明军旧部，今后肖天健也绝不容他拥兵自重，肯定会想办法拆分掉他麾下的这些兵马，彻底的杜绝他拥兵自重的可能性。
于是弄明白这一点之后，吴襄立即便做出了选择，毕竟他也年纪不小了，在大中军之中即便是再混下去，也不可能混出更大的名堂，与其等着肖天健以后动他，倒还不如趁着现在肖天健对他很有好感，来一个主动的急流勇退，直接交出兵权，回家当一个富家翁，何况肖天健念在他帮着大中军打了山海关大捷，肯定不会亏待他，于是便暗中向肖天健呈递了这份奏疏。
而肖天健接到了吴襄派人呈送的这份奏疏之后，也很是欣慰，他之所以暂时重用吴襄，主要还是考虑到他麾下的两万多最后的关宁精锐，如果直接拿掉吴襄的话，可能会引起一些不必要的麻烦，所以才会暂时留用吴襄。
但是以吴襄的身份，掌控这么大一支武力，而且其中骨干基本上还是他的旧部，今后对于大中军来说，确实也是一个麻烦，所以他才会将彦书亭抽出，派到山海关充当吴襄的副手，现如今吴襄这么识趣，主动提出了在完成整编，稳定下来之后，回家荣养，这便解决了他的一个后顾之忧。
于是肖天健对于吴襄这么知趣，也自然投桃报李，暗中拟了一份圣旨，给吴襄送去，大大的赞赏了一番吴襄的做法，并且再一次肯定了吴襄的功劳，同时宣布将北京城之中，原来吴襄的大宅，给吴襄保留下来，另外拿出五千两银子，重新将其修缮一新，再赏给吴襄两万两银子，以及保留了吴襄原来在京城外购置的三千亩田地，今后供吴家所用。
另外将吴襄的大儿子吴三凤送到武昌讲武堂之中进行为期一年的培训，一年结业之后，便将吴三凤派至第三镇李栓柱军中，担任军职，算是解决了吴襄的一个后顾之忧。
吴襄接旨之后顿时大喜，虽然两万两银子对他来说不算多，但是这在大中军之中，也算是非常罕见的赏赐了，另外肖天健还特许他保留京城外三千亩田产，也属不易，起码今后他们吴家吃饭是没有问题了，单单靠着这三千亩田产，他以后也可以安安稳稳的做一个富家翁了，更何况肖天健还启用了他的大儿子吴三凤，这便说明肖天健是很有诚意给他们吴家子孙一个好出路的，于是吴襄立即叩头谢恩，将肖天健给他的这份圣旨小心翼翼的收藏了起来，全力以赴的开始配合赶赴到山海关的彦书亭，开始对山海关一带的兵马进行起了大规模的整编行动。
除了新编近卫第三师和改编的山海关加强守备师这两个师之外，肖天健还下旨令在北方各地以各地民壮，组建起了三个预备师，下辖二十个预备营，每个预备师编制一千正规全脱产兵将，其余的则是由当地百姓青壮组成，农忙务农，农闲集中操练，构成二线预备兵力，为未来北上辽东对建奴作战打下基础。
虽然肖天健现如今通过在京城的大清洗，弄到了不少的银子，但是肖天健也没敢大手大脚的便挥霍这些银子，之所以暂时组建预备师，就是因为他不敢花太多的钱，毕竟大中军养兵的成本要远比建奴和旧明前朝的成本要高很多，而且北方经过历年的战祸，人口数量也大幅度的减少，现如今虽然他平定了北方，但是第一要务却是先要恢复北方的农业生产，如果呼啦啦一下子便招募起数万新兵的话，便会严重影响到北方农业生产的恢复。
而北方农业如果不能尽快恢复的话，那么就要依靠南方不断的朝北方转运粮食，来养活北方大批的兵马，这样做成本实在是太高，故此肖天健斟酌再三，考虑到这次建奴吃了大亏，短时间之内，已经无力南下入寇了，于是才变通了一下，组建起三个预备师，这样一来，既可以尽可能的减少对农业恢复的影响，同时还可以提前储备下一大批未来可以用于辽东战场的兵马，而养兵成本也少了很多。
但是这么短时间之中，大中军在北方又增添了这么多的兵马，于是装备上便成了问题，虽然他们缴获了不少官军的器甲，其中刀枪藤牌和甲胄之类的东西倒是还好说，可是大中军引以为豪的火器，却很是缺乏。
京城之中三大营的神机营在投降的时候，倒是从他们手中缴获了三千多支鸟铳和鲁密铳，但是除了那两百多杆鲁密铳尚可称之为利器之外，剩下的那些鸟铳，因为缺乏有效的保养，再加上打造的时候粗制滥造，多已不堪大用，而且口径上和大中军现在普遍装备的自生火铳也就是大口径燧发枪差异很大，威力小且不说，精度也差，而且质量堪忧，炸膛率很高，所以除了挑选出来制作精良的五六百杆暂时留下供给预备师训练之用以外，其余的则全部淘汰回炉了。
所以新编第三师和山海关守备师以及这几个预备师的装备问题，便难住了暂时主管兵务的李信，更难住了负责后勤供应的后勤部。
大中军这些年发展虽然迅速，而且也逐步的以阳城县为基础，形成了大中军的军工供应体系，但是眼下大中军主要的兵工基地却集中在晋北的阳城、平阳府、河南的汝州、湖广的大冶、南直隶的南京等地，北方刚刚攻占下来，尚没有形成有效的火枪生产基地。
猛然间要重新武装起来这么多兵马，仅凭着后勤部从南方向北方转运，很显然对于刚刚立国不久的大中朝来说，压力非常大。
就在李信和后勤部为此头疼的时候，肖天健的一个命令暂时解决了他们的问题，肖天健直接下旨，令撤回山西的左路军，以及返回南直隶的第四镇的部队，在离开北京之前，将他们手中使用的火器以及火炮，以及一部分甲胄，都留在了北京，令他们空着手返回各自原来的驻地。
然后肖天健下旨利用他们留下的这些火器，直接装备给新编以及整编的部队，如此一来，北方新编和整编的部队便立即可以武装起来。
这个办法可以说是个相当不错的办法，北方局势经过这段时间的大战之后，基本上已经底定，大中军彻彻底底的打出了威风，虽然这么做等于是解除了后撤兵马的武装，但是在他们返回原驻地的路上，也没人敢找他们的麻烦，所以他们撤装火器，并不会影响到什么。
而且他们各自返回原来的驻地之后，便立即可以就地重新武装起来，如此一来便大幅减少了后勤部门运输的压力，节省了不少人力物力，而且他们青壮后撤，也可以加快速度，又可以毫不费力的将北方新编的军队给武装起来，可以说是一举数得，让李信等人无不连连称赞他们的肖大皇帝的脑子真是好使，让肖天健为此感到倍儿有面子。
而北方战区至此也基本上成型，有罗立和李凌风还有李定国、彦书亭这几员悍将坐镇北方，肖天健也就对北方没有了后顾之忧了，相信在他们的统御之下，最短一年时间，在北方农业恢复之后，便可以在北方关内外，形成一支拥有数万精兵的作战集团，为未来的辽东之战提前做好准备，于是肖天健在九月份到来的时候，再一次将目光投向了西面。
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